ಭೀಕರ ರೈಲ್ವೆ ಅಪಘಾತಕ್ಕೆ 2 ಮುಖ್ಯ ಕಾರಣಗಳಿವೆ ಎನ್ನಲಾಗಿದೆ. ಅವುಗಳಲ್ಲಿ ಮೊದಲನೆಯದ್ದು ಇಂಟರ್ಲಾಕ್ ಸಿಸ್ಟಂ ವೈಫಲ್ಯ.
ಯಾವುದೇ ರೈಲು ಯಾವ ನಿಲ್ದಾಣಕ್ಕೆ ಯಾವ ಟ್ರ್ಯಾಕ್ನ ಮೂಲಕ ಹೋಗಬೇಕು, ನಿರ್ಗಮಿಸಬೇಕು ಎಂಬುದನ್ನು ಇಂಟರ್ ಲಾಕ್ನ ಮೂಲಕ ನಿರ್ಧಾರ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಮಾರ್ಗ ಬದಲಾವಣೆಗೂ ಇಂಟರ್ ಲಾಕ್ ಸಿಸ್ಟಮ್ ಅನ್ನೇ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತಿದೆ. ಇದರಲ್ಲಿ ದೋಷವಿರುವ ಬಗ್ಗೆ ಕಿರಿಯ ಅಧಿಕಾರಿಗಳು ಫೆಬ್ರವರಿ 9 ರಂದೆ ಮೇಲಧಿಕಾರಿಗಳ ಗಮನಕ್ಕೆ ತಂದಿದ್ದರು. ಆದರೂ ಅಧಿಕಾರಿಗಳು ಈ ಬಗ್ಗೆ ಗಮನಹರಿಸಿರಲಿಲ್ಲ ಎನ್ನಲಾಗುತ್ತಿದೆ.
ಅಪಘಾತಕ್ಕೆ 2ನೇ ಕಾರಣ ಸಿಗ್ನಲಿಂಗ್ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯ ದೋಷ. ಪಾರಾದೀಪ್ನಿಂದ ಮುಖ್ಯ ಲೈನ್ನಲ್ಲಿ ತೆರಳುತ್ತಿದ್ದ ಗೂಡ್ಸ್ ರೈಲನ್ನು ಕೋರಮಂಡಲ್ ರೈಲಿಗೆ ದಾರಿ ಮಾಡಿಕೊಡಲು ಬಹನಾಗ್ ನಿಲ್ದಾಣದಲ್ಲಿ ಲೂಪ್ ಲೈನ್ಗೆ ತರಲಾಗಿತ್ತು. ಲೂಪ್ ಲೈನ್ ಅನ್ನು ರೆಡ್ನಲ್ಲಿ ಇರಿಸಿ,
ಕೋರಮಂಡಲ್ಗೆ ಮುಖ್ಯ ಲೈನ್ನಲ್ಲಿ ಗ್ರೀನ್ ಸಿಗ್ನಲ್ ನೀಡಲಾಗಿತ್ತು. ಇದನ್ನು ತ್ರೂ ಲೈನ್ ಎನ್ನುತ್ತಾರೆ. ಹೀಗೆ ಸಿಗ್ನಲ್ ನೀಡಿದಾಗ ಹಳಿ ಬಳಿಯ ಪಾಯಿಂಟ್ ಬದಲಾಗಬೇಕು. ಕೋರಮಂಡಲ್ ಮುಖ್ಯ ಲೈನ್ನಲ್ಲಿ ತೆರಳುವಂತೆ ತ್ರೂ ಆಗಬೇಕು. ಆದರೆ ತ್ರೂ ಆಗಿಲ್ಲ. ಸಿಗ್ನಲ್ ಮತ್ತು ಪಾಯಿಂಟ್ ನಡುವೆ ಲೋಪ ಉಂಟಾಗಿದೆ.